追記（４月１０日）

地方局は本省と比べれば余裕があると考えられるところ、本当にこのような深夜勤務が生じるのだろうか？
と思い、国土交通省の知人に聞いてみました。

「自分がその部署にいた訳でも、その職員を直接知っている訳でもないから、実際の勤務状況がどうかはわからない、不適切な使用であった可能性もある」
と前置きしつつ、

「総じて、地方整備局は、本省よりは余裕がある。」
「しかし、地方整備局はブロックの直轄事業・補助事業をとりまとめるところ、本省に毎日山のように寄せられる議員からの（与野党問わず）要望・質問・資料要求・クレームに対応するためには、各事案についての状況・方針を把握する必要があり、本省との窓口を担当する部署は多忙になる。」
「関東・近畿での当該部署は、他の地方整備局よりも案件が多いため、特に多忙になる。」
「とはいえ、窓口は一本化する必要があるため、業務を分担するのはなかなか難しい」
「さらに、昨年度・今年度は、道路中期計画策定もあり、例年より忙しいと思われる。」
「当該職員は、国会案件等の窓口を担当していたのではないか」
「なお、関東地方整備局は、「多極分散型国土形成促進法及びこれに基づく国の行政機関等の移転に関する基本方針」に基づき、東京からさいたま市に移転したため、東京都南部や神奈川県在住の人間が関東地方整備局に配属となった場合には、長距離通勤になってしまう。」

という事でした。

繰り返しですが、本当にそういう状況であったのか（＝適正な使用であったのか）、そうではなく不適正な使用であったのか、判断する材料は持ち合わせていないので、分かりません。あくまで一般論です。